Câu chuyện này diễn ra ba năm sau các sự kiện của trò chơi trước “Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout,” mô tả cuộc hội ngộ của Ryza và những người bạn của cô, họ trải qua những cuộc gặp gỡ và tạm biệt mới để khám phá ra một kho báu vô giá thực sự.
"Câu chuyện"
Ba năm đã trôi qua kể từ cuộc phiêu lưu lớn bí mật của Ryza trên đảo Kurken. Ryza, thành viên duy nhất trong nhóm của cô vẫn còn trên đảo, nhận được một lá thư từ người bạn nói với cô về những tàn tích có thể liên quan đến thuật giả kim, cùng với một yêu cầu bí ẩn liên quan đến một viên đá phát sáng. Điều này thôi thúc cô rời hòn đảo và đến thủ đô của hoàng gia, Ashra-am Baird. Tuy nhiên, Ryza không biết rằng điều này sẽ dẫn đến sự khởi đầu của một cuộc phiêu lưu mới đầy trí tưởng tượng liên quan đến việc theo đuổi những bí ẩn của những tàn tích xung quanh thủ đô hoàng gia và cuộc gặp gỡ với một sinh vật lạ sẽ thay đổi cuộc đời cô.