Trò chơi là phần tiếp theo trực tiếp của hai trò chơi Trails of Cold Steel trước đó, chọn một năm rưỡi sau các sự kiện của Trails of Cold Steel II . Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính Rean Schwarzer, hiện là giáo sư quân sự, cũng như các sinh viên của ông và những người bạn học quân sự khác từ hai mục trước,đáng chú ý là khám phá các chủ đề như nguồn gốc bí ẩn của Sự ra đời của Rean, và những gì người khác đã làm được kể từ các sự kiện của các trò chơi trước. Trò chơi cũng có sự xuất hiện của Tita và Agate, các nhân vật từ Trails in the Sky , một câu chuyện trước đó trong loạt phim Trails , cũng như Tio và Randy, các nhân vật từ Zero no Kisekivà Ao no Kiseki .
Rean hiện là giảng viên tại Cơ sở chi nhánh Thors, giảng dạy thế hệ tiếp theo của lớp VII. Lớp mới bao gồm Juna Crawford (một cô gái đến từ bang Crossbell cũ), Kurt Vander (có gia đình mất nghĩa vụ bảo vệ Hoàng gia), Altina Orion (một đặc vụ của Phòng Tình báo và kẻ thù cũ của Lớp VII cũ ), Ash carbide (một đứa trẻ mồ côi mồ côi) và Musse Egret (một học sinh quý tộc đến từ tỉnh Lamare). Hỗ trợ Rean trong các nhiệm vụ giảng dạy của mình bao gồm cựu chủ tịch hội học sinh và học sinh lớp trên Thors Towa Herschel, Randy từ Bộ phận Hỗ trợ Đặc biệt của Crossbell và Thiếu tá Michael từ Cảnh sát Quân sự Đường sắt. Cựu tướng của Liên minh Cao quý Aurelia Le Guin được bổ nhiệm làm hiệu trưởng trường chi nhánh với Giáo sư G. Schmidt làm cố vấn.
Trong khi huấn luyện Lớp VII mới, Rean được chính phủ Hoàng gia ra lệnh giải quyết nhiều xung đột phát sinh trên khắp Erebonia như một phần của bài tập thực địa của trường, trong đó các bạn học lớp VII cũ của anh ta hỗ trợ anh ta. Các sự cố đã được Ouroboros xúi giục để chuẩn bị lấy lại Phantasmal Blaze Plan bị đánh cắp bởi Thủ tướng Osborne khi kết thúc cuộc nội chiến. Cũng hoạt động đằng sau hậu trường là một nhóm cổ xưa được gọi là Gnomes, hiện đang hoạt động dưới biệt danh Black Workshop, với người đại diện Azure Siegfried của họ có mặt trong mỗi sự cố.
Trong cuộc tập trận tại Heimdallr và kết hợp với Lễ hội mùa hè, Ash bị một lời nguyền và cố gắng ám sát Hoàng đế, làm anh bị thương nặng. Thủ tướng Ostern sau đó đảm nhận quyền lực với tư cách là hoàng đế lâm thời trong khi Hoàng đế hồi phục vết thương và đổ lỗi cho Cộng hòa Calvard láng giềng về vụ ám sát, tạo ra một casus belli cho chiến tranh. Rean và những người bạn của mình cuối cùng đã tiếp xúc với Roselia thuộc nhóm Hexen, một phù thủy bất tử, người đã theo dõi Erebonia trong nhiều thế kỷ. Roselia giải thích rằng hơn một ngàn năm trước, tổ tiên của Erebonia đã tiến hành chiến tranh với nhau bằng cách sử dụng Sept-Terrions of Earth and Fire. Cả Sept-Terrions cuối cùng đã tiêu diệt lẫn nhau và hợp nhất để trở thành Sept-Terrion of Steel, "Great One". Nhận ra sự nguy hiểm của thực thể mới này, hai nhóm,
Rean sau đó phát hiện ra rằng Thủ tướng Ostern, Ouroboros và Gnomes đã liên minh với nhau để giải phóng Lời nguyền bị phong ấn của Great One trên khắp Zemuria, sẽ mở ra "Hoàng hôn vĩ đại" sẽ kết thúc thế giới. Rean và những người bạn của anh ta cố gắng ngăn chặn Ostern, buộc phải chiến đấu theo cách của họ thông qua Ouroboros, những người hoạt động của Gnomes và Ironblood của Ostern. Tuy nhiên, sau khi Millium hy sinh bản thân để bảo vệ Rean và em gái Altina, Rean mất quyền kiểm soát sức mạnh Ogre của mình thông qua cơn thịnh nộ, biến Valimar thành một thực thể có vẻ ngoài xấu xa, cũng như mở khóa vĩnh viễn sức mạnh Ogre của Rean. Rean và Valimer sau đó tiếp tục hung hăng, giết hại dữ dội con quái vật đen, giải phóng Lời nguyền. Ostern, Crow, Rutger và Arianrhod sau đó triệu tập các Hiệp sĩ siêu phàm của họ và đánh bại và bắt giữ Rean và Valimar.
